Amelia Vanek è una vedova che vive nella città australiana di Adelaide; stanca e quasi depressa, ha allevato da sola il figlio di sei anni Sam, in quanto suo marito Oskar è morto in un incidente d’auto avvenuto mentre accompagnava Amelia in ospedale durante il travaglio. Sam è un bambino irrequieto e problematico, insonne e ossessionato dall’idea che dei mostri perseguitino lui e la madre; ciò lo porta a costruire diverse armi potenzialmente pericolose per sé stesso e gli altri, tanto che Amelia è costretta a ritirarlo da scuola. La donna stessa è estremamente provata mentalmente dalla condotta del figlio e non ha ancora superato la morte del marito, tanto da non festeggiare mai il compleanno del figlio il giorno effettivo in cui lo compie. Una notte, Sam chiede alla madre di leggergli un libro pop-up per bambini che ha trovato in casa chiamato Mister Babadook. Nella storia si descrive una creatura mostruosa chiamata Babadook, un umanoide alto, pallido, indossante un cappello a cilindro e con dita artigliate che tormenta le sue vittime quando si rendono conto della sua esistenza e gli permettono di entrare in casa. Amelia resta turbata dal libro e Sam si convince che il Babadook sia reale, al che il suo comportamento e la sua insonnia peggiorano, così come le condizioni psicologiche della madre.

In casa cominciano ad accadere strani eventi: le porte si aprono e chiudono da sole, si odono rumori di fonte incerta e Amelia trova frammenti di vetro nel proprio cibo. La donna attribuisce gli avvenimenti a Sam, il quale a sua volta incolpa il Babadook, quindi la madre strappa il libro e lo butta via. Alla sua festa di compleanno Ruby, la cugina di Sam, litiga con lui riguardo alla morte di suo padre e il bambino la spinge fuori dalla casa sull’albero, ferendola. Claire, la sorella di Amelia, ammette esasperata di non sopportare Sam per il suo comportamento e lei si arrabbia. Tornando a casa, Sam litiga con la madre e ha una visione del Babadook che gli causa un attacco epilettico. Viene portato dal pediatra e quest’ultimo consegna ad Amelia dei sedativi da somministrare al figlio.

Il giorno dopo Amelia ritrova nuovamente il libro di Babadook sui gradini di ingresso. Sono state aggiunte nuove pagine illustrate che spiegano come la creatura diventerà più forte se lei continua a negare la sua esistenza, mostrando dei pop-up di Amelia che uccide il cane di famiglia, Sam e poi sé stessa. Terrorizzata, Amelia brucia il libro e va dalla polizia dopo aver ricevuto un’inquietante telefonata da parte di una voce mostruosa che ripete la parola “Babadook”. Tuttavia non ha prove da presentare e alla centrale ha una visione della creatura. A casa Amelia comincia a chiudersi in sé stessa: passa le giornate guardando ossessivamente vari programmi in televisione, urlando contro Sam di frequente ogni volta che le “disobbedisce” e continua a vedere il Babadook. Il suo stato mentale cade in un lento degrado e diventa sempre più paranoica e violenta; taglia il cavo del telefono per impedire a Sam di contattare qualcuno, minaccia il figlio con un coltello e ha frequenti visioni in cui uccide il bambino.

Successivamente, nel seminterrato, Amelia si incontra con Oskar che si offre di tornare da lei se in cambio gli consegnerà il bambino. Realizzando che si tratta solo di una manifestazione del Babadook, la donna scappa attraverso la casa inseguita dalla creatura, che alla fine la raggiunge e possiede. Sotto la sua influenza, Amelia uccide il cane e tenta di attaccare Sam, il quale l’attira nel seminterrato dove la mette fuori combattimento e lega. La donna cerca di ucciderlo nuovamente, ma poi sembra risvegliarsi ed espelle il Babadook che trascina Sam in una stanza. Amelia lo salva e affronta un’altra visione di Oskar, riuscendo con la forza di volontà a far ritirare Babadook nel seminterrato.

Qualche settimana dopo, Amelia e Sam si sono ripresi e molto più sereni di quanto non siano mai stati. Raccolgono dei lombrichi in una ciotola e Amelia li porta nel seminterrato dove risiede il Babadook, dandoglieli come nutrimento: madre e figlio non potranno liberarsi della creatura, ma finché lo accudiranno lui li lascerà stare. Una volta calmato il Babadook, Amelia torna in cortile per festeggiare il compleanno di Sam.